El principal problema es el típico de la digitalización de señales, es decir la cuantización, ya no es posible un rango continuo de valores sino sólo unos valores determinados.
Aunque este problema se soluciona añadiendo un nuevo tipo de evento llamado alteración del pitch, que lo que hace es efectivamente desafinar el sintetizador de una forma controlada, de esta manera se consiguen efectos como portamento y vibrato, aunque de una forma menos evidente que en el caso de transmisión analógica.
Nota: Al decir Analógico y Digital se refiere al método de transmisión, no al controlador ni al sintetizador, de hecho existen actualmente controladores y sintetizadores analógicos pero con interfaz MIDI (digital).